控股子公司破產時，母公司借款的處理方式取決于母公司與子公司之間的關系。如果母公司是子公司的投資者，則母公司可以在子公司破產時，向子公司提出對借款債權的索賠，并要求子公司進行償還。但是，由于子公司破產，子公司很可能無力償還，這時母公司可以向司法機關提出抗辯，要求進行賠償。此外，如果母公司不是子公司的投資者，而是為子公司提供借款服務，那么母公司可以向子公司提出債權追索要求，要求子公司進行償還。