新的事業單位財務規則變化主要體現在三個方面：一是財政投入原則上更加精細化，總量保持不變，但將投入更多的資金用于創新性技術和經濟活動。二是收入分配標準發生改變，實行以市場機制為基礎的收入分配，以實現實體經濟的科學發展。第三，稅收一體化配套政策也發生變化，增強了財政支出的動力。比如，在稅收優惠政策上，新的事業單位財務規則指出，若企業做出科技創新、帶動就業甚至減少污染環境等貢獻，則可以對其征收稅費更優惠的條件。