中小企業發展專項資金的入賬一般分為兩種方式。一種是商業銀行賬戶中的直接存款方式，另一種是通過銀行承兌的票據的方式。為了保證資金安全，一般申辦者必須在財政部門或地方政府財政部門等指定銀行開設獨立賬戶，作為資金入賬賬戶，專戶僅限政府撥付使用。另外，要求申請者按照有關規定，妥善保管自己的銀行卡和密碼，定期查詢賬戶余額，及時對賬戶內資金余額進行調整，以確保資金正常使用。此外，申請者還要確保資金能夠有效地到達財政部門注冊的銀行賬戶，防止資金被非法挪用或轉移。