在小規模疫情期間，普通發票免稅的錯開成3%/5%的情況下，如果不沖紅，直接申報的話會有一定的影響。以一家工程建設公司A為例，A公司在一般納稅人申報時，由于疫情期間3%/5%普通發票免稅錯開，如果A公司沒有對發票進行沖紅操作，而是照常申報3%或者5%的稅率，那么根據稅法規定A公司可能會被追繳相應差額。比如A公司開具了一張金額為100元，稅率為5%普通發票，但是A公司沒有沖紅該發票，直接申報稅率為3%，則該筆發票的應補繳稅款為2元。因此，在小規模疫情期間，如果不在發票上沖紅，而是直接進行申報，就可能被要求追繳超出稅額的差額，因此要確保自身的合規性，最好還是沖紅后再申報最安全。