如果要將已抵扣入賬的農產品增值稅進項稅額轉出，改成農產品增值稅進項稅額核定扣除，應該按照以下步驟操作：1、先在財務管理軟件中開設新的科目，用于存放農產品增值稅進項稅額核定扣除的科目；2、將原有的科目中的農產品增值稅進項稅額轉出至新開設的科目；3、將未轉出的部分以銷項稅額減征；4、進行期末結轉，將科目清零。 農產品增值稅進項稅額核定扣除是農業企業在繳納增值稅期間，可以直接從申報的增值稅銷項稅額中扣減的稅款，以減少繳納增值稅的負擔。可以根據企業的實際情況，有效利用農產品增值稅進項稅額核定扣除方式，減少企業的稅負負擔。