公司注銷后，應將所有往來賬目進行核對，并將核對正確的賬目進行分類整理，將未結清的借貸雙方的賬目進行結清，以免出現糾紛。比如公司拖欠供貨商款項，應核實相關資料后匯款給供貨商，并將結款憑證檔案化。另外，根據財務賬目發票整理和核對壞帳，并記入壞帳準備，將不能收回的發票和賬款報廢等。總之，公司注銷后，必須對往來賬目進行徹底核對，才能盡可能地保證雙方的權益。