是的，如果員工在北京子公司和香港母公司各發一部分工資，他的個稅一般只代扣代繳北京部分。由于中國實行了國土原則，即所得稅應當在依法設立的辦稅機關所在地（即mainland China）繳納，因此，員工應該在主要工作地點（北京）繳納個稅。此外，如果員工具備稅收雙重征管條件，則需要向稅務機關申報，由稅務機關做出決定。 拓展知識：跨境職工的稅務處理規定，除國家稅務總局公布的特殊稅收協定外，稅務部門還制定了《跨境職工完稅服務指南》，明確規定跨境服務人員應當繳納主要工作地所得稅，按照稅收慣例繳納雙重征管稅款。