是的，公司借給股東的款項應該繳納個稅。根據中華人民共和國稅收法，凡是公司借給股東的款項，如果超過股東基本工資，應當繳納個稅。具體稅率取決于具體情況，一般繳納稅率介于3%到45%之間。