處理工程開票金額大于工程結(jié)算金額的方法是：1、首先，當(dāng)事雙方須就開票金額的增減及原因做出約定；2、如果雙方尚未確定，則應(yīng)對(duì)收款方發(fā)票金額進(jìn)行調(diào)整；3、如果雙方無法達(dá)成一致意見，則可以將多余的金額存入合同約定的雙方協(xié)商處理賬戶或合同規(guī)定的仲裁機(jī)構(gòu)賬戶進(jìn)行存放。 拓展知識(shí)：在發(fā)票開具時(shí)，應(yīng)當(dāng)按照《中華人民共和國發(fā)票管理?xiàng)l例》的規(guī)定，遵循甲乙雙方的實(shí)際情況進(jìn)行開票，不得弄虛作假，更不得有任何形式的逃漏稅、騙票行為，否則將會(huì)構(gòu)成犯罪行為，受到法律的懲處。