對于補發、補扣以前年度工資個稅的扣繳，首先要確定的是扣繳的期間是屬于哪個年度，即應納稅所得額是屬于過去哪一年度，以便確定計稅方法，確定扣繳率以及補稅額。若為過去某年度，則無需改變稅務登記地，可直接報送原稅務機關，并按照過去年度的稅法規定，按照屬于過去年度當時的稅率繳納稅款。若跨期，則需要改變稅務登記地，報送新的稅務機關，并按照現行的稅法規定，重新核算當期應納稅所得額，再按照相關稅率進行相應的扣繳，繳納應補退的稅款。 補繳個稅一般不會受到免稅扣減政策的影響，但是在繳納補繳的稅款時，應注意將補繳稅款與現期應繳稅款分開填寫，方便管理，以免產生混淆。