房地產企業購地保證金下賬應該根據合同約定的購地保證金金額，減少應付款項的金額。在完成購地項目，根據約定對購房保證金進行下賬時，應當分別扣除各項費用。一般情況下，應該先扣除施工和管理成本等費用，其次退還給買方。當出現超過余額的支出情況時，需要企業和買方協商確定供貨方應該墊付的部分。例如，某公司購地時向開發商付了200萬元的保證金，施工和管理成本達到150萬元，最終房屋交付開發商后保證金退還50萬元，開發商需要支付買家50萬元。