民間非營利組織出資人投入的資金可以計入各種會計賬戶中，比如用來支付職工薪酬的銀行賬戶，用于購買物資的商業帳戶，用于捐贈的公益帳戶等。此外，為了便于管理和監督出資人投入的資金，還可以在財務會計系統中建立一個專門的出資人投入資金賬戶，并定期進行詳細的核算。