納稅人銷售免稅農產品的賬務處理應當從分錄調整出發，根據實際情況設定涉及到的會計科目，進行賬務錄入。一般而言，納稅人銷售免稅農產品的賬務處理主要是涉及到“庫存商品”和“貨幣”兩個會計科目，“庫存商品”的借方記錄出庫，和貸方記錄銷售收入；貨幣的借方記錄成本，貸方記錄收入。在此基礎上，納稅人可根據實際情況進一步設定相關會計科目，以便完整地反映有關農產品的銷售情況，以準確反映營業收入情況。 例如，納稅人在銷售免稅農產品時，可以單獨設定“免稅農產品銷售成本”和“免稅農產品銷售收入”科目，以便準確地反映銷售成本和收入情況。此外，在會計記賬的過程中，要特別注意不能把普通稅種和免稅種混在一起，以免對稅收形成干擾。