農民工工資通過工資專戶發放對于個稅征繳是有一定影響的，因為根據財政部《關于財政上支付農民工工資辦法的通知》，農民工在工資專戶支付收入受理單位辦理代發協議后，可以由單位代為報送繳納個人所得稅，但是離職后農民工也應該按照規定自行申報繳納稅款。 拓展知識:國家正在推行“協議支付”方式，以方便農民工的收入和財務管理，財政部出臺的《關于財政上支付農民工工資辦法的通知》，允許農民工在工資專戶支付收入受理單位辦理代發協議，單位將代為報銷農民工的個稅。 應用案例：如果一個工廠有農民工，將可以通過工資專戶簽訂代發協議，由單位代為為農民工報銷個稅。這樣可以大大提高農民工收入，同時也讓企業和農民工更好地管理財務及收入。