是的，可以抵扣500。根據《中華人民共和國發票管理條例》第三條規定：對于符合有關憑證稅務登記等規定，經稅務機關核定發票金額真實、有效，可以合法使用的增值稅專用發票，納稅人可根據其可抵扣項目的金額，采取分次抵扣或者一次性抵扣的方式。因此，你在具體的抵扣情況中，可以采取分次抵扣的方式，只抵扣1000元中的500元，剩下的500元也可以抵扣，但一定要按照規定的抵扣流程來進行，以免造成政策違規。