對于作廢的普票，應當嚴格按照相關法律法規的規定處理。首先，應該及時將作廢的普票進行收取，并且將收取的法定時限內存入普票庫中。其次，如果無法收回第二聯，可以通過查詢供應商及報關行獲取普票記錄，以及客戶收貨記錄和其他相關票據，進行證明。最后，應根據實際情況提供有效的重收費用憑據，申請重收手續費，以確保財務報銷的可靠性。