處理誤給員工發了兩次工資的方法包括： 1. 與員工溝通：首先，要盡快與員工溝通清楚，說明情況，要求員工將多發的工資金額歸還給公司。 2. 額外扣除：如果員工不同意歸還，公司可以采取額外的勞動權益扣除的方式，即將其未來的工資扣除多發的金額，直至補回多發的金額。 3. 內部追償：如果員工由于某些原因不能正常與公司溝通，公司可以采取內部追償的方法，即給相關部門發放公函，要求補回多發的工資金額。 4. 法律手段：如果上述方式無法達成和解，公司可以采取法律手段，向法院申請保全等手段，追究相關人員的責任。 拓展知識：為了避免出現此類情況，企業可以采取完善內部控管措施，將薪資發放的流程和程序交由專人負責，強化審核機制，建立雙重驗證機制，保證薪資發放的準確性。