甲方代付農民工工資的分錄：銀行存款（應付賬款-農民工工資）+ 實收賬款（實付賬款-農民工工資） 甲方和我們結算分錄：應付賬款 + 應收賬款-1000萬元 至于開1000萬元發票，由甲方考慮，要看付款的流向是否正確。但是需要注意的是，如果甲方只是想開1000萬元的發票，而實際上把1000萬元支付給了我公司，則不合理，因為這違反了《發票管理條例》的規定。此外，從財務審計的角度來看，甲方最好以現金或者銀行轉賬的形式進行結算，并記錄發生的相關交易憑證，以便于進行財務核對。