根據稅務機關的規定，公司的款打給個人獨資企業是可以的。個人獨資企業在稅收上應該歸個人所有，因此當公司向個人獨資企業支付款項時，不需要對方的發票，而只需要公司的收據就可以了，這樣就能保證款項的正常支付。 此外，該企業應該建立完善的內部財務管理系統，定期備份相關資料，建立營收確認、稅金申報等完善的稅務管理制度，并將合法的憑證留作實物檔案，以便在稅務檢查時能一一做好證明。 拓展知識：對于個人獨資企業，累計銷售額每年不超過3000萬元或累計購進貨物、勞務不超過1千萬元的，除企業附加稅以外不再征收增值稅；累計銷售額每年不超過2.4萬元或累計購進貨物、勞務不超過7.5萬元的，不征收增值稅、企業附加稅及城市維護建設稅。