代收通行費不征稅可以在納稅實行免稅，或者抵扣相應的稅費。通常情況下，在通行費合法發放的情況下，當發生有關政府的減免或免稅政策時，這些通行費就可以作為稅費減免或者抵扣的項目。比如，在生產類稅務管理范圍內，通行費可以用于抵扣增值稅，而在財務類稅務管理范圍內，通行費可以用于抵扣收入稅。此外，也可以在現行稅法中尋求政策空間，制定特殊的減免、免稅或者抵扣方案。