處理分公司開票總公司收款的一般做法是，分公司應當在開具發票時將發票信息報送至總公司，總公司會根據發票信息在帳套中記賬，并向分公司付款。此外，還可以為了更好地記錄分公司發票信息，總公司可以在收款時及時采取必要的保管措施，盡可能地收集所有發票信息。另外，總公司和分公司應當按照雙方約定規定，在某一時間點自動確認收款，并相互開具發票，以解決分公司發票未開具、收款未記賬的問題。例如，可以在總公司收款的同時，對發票信息進行核對，并確認相應的發票被開具，保證發票信息的準確性。