是的，公務交通費個人所得稅需要代扣。如果是中國繳納稅款的居民，按照規定，報銷的公務交通費就是個人所得稅的應納稅所得額，需要按照稅法的規定進行計算和繳納稅款。主管稅務機關依據稅法規定，責令繳納欠繳的稅款，并處以滯納金。此外，個人有可能被追繳滯納金，一旦拖欠稅款超過國家規定的追繳期限，就需要承擔嚴重的法律責任，甚至可能會被追究刑事責任。