是的，進出口企業的貨運代理費的進項稅是可以退稅的。根據《中華人民共和國進出口稅則》，有關貨運代理費由出口企業支付，其進項稅可以退稅。此外，根據國家有關法律法規，對于對外投資企業購買外貿進出口貨物或服務，貨運代理費進項稅也可以退稅。