首先，應該在會計科目中增加一條工資獎金的收入記錄，寫明5000元，并且在回單上加上“工資獎金5000元”的字樣。然后，應當在企業管理賬戶中增加相應的金額，并使用銀行回單作為與銀行之間收付款的憑據。同時，要及時地在工資發放系統中進行記賬，以確保支付成功，并及時地了解到該獎金已經發放給員工。