沖紅發票的稅款處理方法： 1、根據《財稅字〔2003〕136號》規定，沖紅發票經查證后確定稅款減免，稅務機關應當做出確認，記錄在統計賬冊上，并憑統計賬冊作為稽查憑證。 2、稅務機關憑統計賬冊，出具稅款減免憑證給企業，如果企業已經繳納過稅款，則需要向稅務機關提出退稅申請，由稅務機關處理退稅事宜。 3、附加稅等應按照相關規定向稅務機關做出確認，并在報稅中減免，以減輕納稅負擔。 拓展知識：當開具沖紅發票后，企業應當及時，正確地辦理沖紅發票稅款減免業務，按照規定出具證明，確保稅款減免的記賬準確，防止漏稅和重復繳納稅款。