是的，賠償金要代扣個人所得稅。根據國家稅收法律，在具有應稅性質的收入中，具有代扣代繳義務的為個人所得稅，其中賠償金也要接受個人所得稅代扣代繳，收入來源不同，稅率也會不一樣。稅務機關有規定，從事工資性收入的納稅人，可減免200元/月的個稅，但是賠償金的收入不能參與減免個稅。 拓展知識：一般來說，賠償金按收入性質劃分分為三類：一是工資性收入，稅率為20%；二是非工資性收入，稅率為20%；三是社會保險補助，不需要繳納個人所得稅。