銀行同業代付會計處理辦法主要包括：一、記錄記賬：應將銀行同業代付所有的收付金額進行記錄記賬，明確收付雙方的資金總額；二、銀行同業代付對賬：應對雙方的所有收付記錄進行對賬，確認其準確性及正確性；三、支付結算：根據雙方的賬戶余額，合理安排收付順序，完成支付結算；四、分別記賬：應將雙方收付金額分別劃轉記賬，便于核查核對；五、確認憑證：收發付款方應仔細核對并確認憑證，以作為核算憑據。