進口關稅專用繳款書上的完稅價格和付款價格差額幾千元主要由兩個原因造成： 一是進口關稅稅率的不同，一般情況下，進口商品的關稅稅率是按照商品和服務分類進行計算的，根據商品的不同，關稅的計算稅率也會有一定的差異，從而導致最終的完稅價格和付款價格存在一定的差額； 二是進口關稅中涉及到的其他稅款，比如增值稅、消費稅等，也會導致完稅價格和付款價格之間存在一定的差額。 另外，隨著國家稅收政策的不斷完善，進口關稅上還可以免稅或減免稅等，因此進口商品價格上也會出現一定的差額，從而影響完稅價格和付款價格之間的差額。