根據你說的信息，如果客戶公司付款時需要開票給子公司，就需要經過三方協議。這個三方協議必須由客戶公司，子公司以及收款方全部簽署，用來解釋客戶公司和子公司之間的付款流程。這個協議還應該清楚說明各方職責，以及款項在客戶公司和子公司之間如何循環、清算以及變更等。此外，開具發票的方也必須在三方協議中指定，以確保發票的真實性和完整性。