在匯算清繳過程中，發現去年實際開具的發票與其他財務憑證不符，有不合規的情況，那么需要進行及時處理，首先是上級稅務機關進行查驗，確認發票存在不合規情況，根據《中華人民共和國發票管理法》及有關規定，此類不合規發票應立即報廢，并向有關稅務機關報告，向稅務機關備案。其次，根據發票的狀態，還需要對不合規的發票開具行為進行相應的處罰，根據不同的狀況，可以是收取超額開具稅款補繳、行政處罰或者刑事處罰等，最終徹底解決發票不合規問題。拓展知識：匯算清繳是指納稅人在歷史納稅期間，在稅務機關指定的期限內，根據《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關規定，向稅務機關申報納稅信息，并繳納稅款的行為。