個人獨資企業的經營所得，根據《中華人民共和國稅收征收管理法》第一百六十一條的規定，按照“收入-成本-費用”的所得稅計算法定稅收。若沒有按月給企業老板發5000元的工資，則不可以以此金額抵扣六萬元的納稅扣除數。但可以根據實際情況，可以以企業的費用，如辦公費、福利等作為稅收減免的條件，從而獲得稅收減免的優惠。舉例來說，企業可以根據實際情況，向企業老板提供一定金額的工資、津貼和補貼，從而獲得所得稅的減免。同時，個人獨資企業還可以按照相關要求購買社會保險，以享受社會保險關系人所得稅減免。簡言之，獨資企業經營所得計算是按照收入-成本-費用來計算的，而且還可以根據實際情況來享受一定的稅收優惠政策。