首先，在發現缺少發票的情況下，企業需要首先收集盡可能多的政府機關出具的證明材料，以解釋產生的稅款的業務場景，如銀行流水、公司業務憑證、收款人和付款人的證明等，幫助企業盡可能準確說明缺少發票所記載的增值稅應稅項目內容及稅額，以及業務本身的真實情況。 其次，在準備好上述證明材料后，企業需要向當地的稅務局提交信息變更表和相關證明材料，向稅務局報告紙質發票確實少申報的情況并申請補繳增值稅，并要求稅務局按照實際交稅的應稅項目和稅額給予減免稅收的處理。 最后，就是要企業之間加強憑證管理，在入賬時要求客戶和供應商準確完整的提供發票，對發票進行檢查，并登記備案，以避免申報隱患。 拓展知識：增值稅進項稅額減免政策 在特定的條件下，可以執行增值稅進項稅額減免政策，以減輕企業的財政負擔。減免政策根據有關法規的要求有二種：一是部分計稅方法法減免；二是全部計稅方法減免。部分計稅方法減免一般減免稅額為30%，但有一定的條件限制，具體詳情可以參考有關法規進行參考。