對于總分公司的賬務處理，在錢從總公司轉錢進分公司時要扣除一些醫社保和公積金，那么這些錢是要由總公司正常登記記賬，并跟分公司掛賬。首先，總公司要正確準確的落實賬務管理制度，完善賬戶體系，形成總分公司賬務處理制度，并給予一定的考核機制，保證賬務活動在規范、合理的范疇內運行；其次，以及總公司需要建立清晰的賬戶結構，包括管理賬戶和明細賬戶；最后，要建立良好的掛賬管理程序，跟蹤日常收入和支出情況，確保支付程序的正確執行，管理合同以及催收等款項管理。拓展知識：跟蹤管理也是總公司賬務處理過程中的重要內容，要定期監督、考核各分公司的賬務管理情況，及時發現、分析異常現象，采取有效的措施進行跟蹤管理。