企業在繳納稅款時不允許留抵稅額，可以采取以下幾種做法來處理： 1、企業可以在本次稅款支出中，優先使用結轉來源的發票； 2、企業可以在每月收支結算時，優先使用結轉來源的發票。 3、企業可以利用專用發票（抵扣專用發票）抵扣稅款，政府發放的抵扣發票可以用于抵扣稅款，減少稅款支出。 4、企業可以盡可能多地申請減免稅政策，政府開出的減免稅政策有助于企業減輕稅收負擔。 上述處理稅款時不允許留抵稅額的做法，有助于企業合理減輕稅收負擔，促進企業健康發展。 拓展知識：另外，企業還可以通過認證的電子發票平臺建立企業的電子稅控系統，接受稅務機關的審核，把紙質發票升級為電子發票，減少紙質發票的制作，發票結余可以作為納稅資金，降低稅收負擔。