發票已經抵扣勾選取消的方法主要有以下幾種： 一、在稅務機關登記經辦人處，要求取消抵扣勾選，登記經辦人收到取消勾選請求后，在稅控系統中取消發票抵扣勾選。 二、交易雙方可以自行約定，購方取消購買發票，銷方發票退回，然后發票原封不動寄回銷方重新開具發票，重新勾選發票，在稅控系統中抵扣。 三、可以申請重開，將發票作廢重開，重新勾選發票，在稅控系統中抵扣。拓展知識：如果發票已經抵扣勾選，那么抵扣的稅款是不能夠被退還的，除非經過協商并做出相應的約定，否則購買方是無法獲得退稅的。因此，購買方在抵扣勾選之前，一定要仔細核對發票，確認無誤后再抵扣勾選，以免出現發票錯誤的情況。