購進農產品取得的3%的專用發票可以用來抵扣進項稅和加計扣除。符合條件的專用發票明細，需要報送增值稅專用發票電子檔案，并在稅務系統上確認后，方可進行抵扣。結算3%的專用發票，具體的抵扣步驟如下： 1、確認3%的專用發票須符合下述條件： （1）發票代碼和發票號碼符合有效發票范圍； （2）稅額、金額、稅價比內容正確； （3）發票類型為“普通貨物發票”且貨物或應稅勞務的加工、修理、安裝類型為“未加工”。 2、將符合3%的專用發票電子檔案上報至稅務機關，審核通過后該發票系統自動入賬（若無法上報，則憑發票增值稅專用發票核銷清單，向稅收機關報送，并確認無誤后可進行抵扣）。 3、在增值稅稅種抵扣操作中，銷方可以選擇進項稅額扣除或者加計扣除，銷方確認抵扣后，抵扣金額將自動從增值稅納稅申報表中扣除，以減少納稅義務。 拓展：關于購進農產品取得的專用發票，購買方需在收票當月內將發票統一匯總上報營改增抵扣平臺，由營改增抵扣平臺審核通過后，方可進行抵扣。