首先，甲方收到乙方的保證金應該向上級機關申報，以便及時登記備案。同時，應當在甲方賬內做好賬務分錄，除了在賬面上登記付款外，還需要在實物上為乙方保存一份應收賬款證明。 其次，甲方應當根據合同規定，在乙方發起的保證金申報中，按照約定的時間、金額及內容等進行分期登記，并及時交給乙方申報書，便于乙方根據實際情況收取保證金。 最后，在結束甲乙雙方的合作關系時，甲方應當及時將相應的保證金轉入乙方賬戶，以完成保證金的核銷工作。拓展知識：甲方實際支付保證金時，應當仔細考慮是否符合支付現金的規定，如果不符合，可以通過匯款等其他方式支付。