根據《會計準則》及企業會計政策，員工核酸檢測費應當以費用類賬戶進行記錄，單獨結賬。費用分錄時，應按照相應的費用類別進行報銷，并明確本次報銷的明細。如費用可分為：檢測費用、運輸費用，這些費用應分別做出分錄，一般分錄如下：應付款項（核酸檢測費），XXX（運輸費用）。在結賬時，分別作出分錄，這樣有助于財務部門更好的管理費用。 此外，為了加強費用管理，核酸檢測費用的支付程序應遵循企業的內部管理規定，要求審批人必須正確填寫費用科目和支付金額，并產生審批單作為財務部報銷的依據。同時，報銷金額必須經過審批，超出部門預算的報銷金額需經過企業財務部認定后再支付，以確保費用的合理性和有效性。