根據《流通稅收征管法》的規定，如果公司進項發票金額大于銷項發票金額，公司可以申請退稅。在申請退稅時，首先要確定稅務收支平衡，其次要擁有足夠的有效進項發票，才可以申請退稅。此外，公司還需要確保進項稅款在上一納稅期間已經抵扣。需要注意的是，如果銷售單價大于成本單價，則可能被稅務機關認定為假進項發票，應當避免此類情況發生。 從稅收角度來說，公司不但要支付貨物或勞務的稅收，而且要有強大的抵扣力度，以便抵消進項稅收的影響。因此，公司應根據財務實際情況，對采購發票、銷售發票以及進項發票等稅務相關文件進行有效的管理，以保證公司的合法稅收繳納狀況。同時，通過正確的稅務籌劃及有效的減免策略，可以幫助企業實現有效的稅收管理和減輕稅收負擔。