已經購買的機器設備，總價是300000元，增值稅額39000元，款項已用銀行存款支付。增值稅是一種消費稅，它是按價格計征稅收的印花稅，按發生價格（即售價）計稅，不論原材料成本或各種費用多少。買方為支付購買機器設備的款項，可以使用銀行存款，用銀行存款支付時，可以把帳戶內的資金托管給銀行，在貨款支付時，由銀行代扣現金支付給賣方，這一步驟可以保證支付的真實性、及時性，也可以有效保護買方的利益。拓展知識：銀行存款是指將資金存入銀行，在合同約定的期限內以約定的利率受益的金融交易。銀行存款可以支持客戶在支付購買機器設備的款項時受到更大的保護，同時也可以有效防止資金外流。