離職賠償金超過3倍平均工資的個人所得稅應該按照比例進行繳納，根據稅務部門的規定，離職賠償金超過3倍平均工資部分應屬于特定非正常收入，按一般收入進行征收個人所得稅。 具體來說，該部分收入應按照國家規定繳納個人所得稅，即20%，個人應當按月在被征收企業處累計繳納。個人所得稅系統是一個省級稅務行政機關提供的稅務服務系統，該系統可用于企業和個人申報、繳納個人所得稅。企業有專門的個稅服務中心，可以根據企業的業務需求，提供申報、發票管理、繳稅等個稅服務。個人則可以在當地市稅務局網站進行個稅申報，或者采用網上申報系統進行申報。 拓展知識：《個人所得稅法》規定，個人所得稅是按照國家規定對個人收入的一種稅收形式，其中的征稅范圍包括工資、薪金，投資收入，經商收入等，一般來說，收入較大的個人應當繳納個人所得稅，并在每月的期末向稅務機關申報繳納個人所得稅。