根據(jù)《個人所得稅法》規(guī)定，個人自然人發(fā)票稅款超過五萬元的部分，是應(yīng)納稅額，應(yīng)納稅額由稅率加計征標(biāo)準(zhǔn)的乘積決定的。具體稅率有：國家增值稅：6%；城市維護建設(shè)稅：3%；地方教育費附加：3%;企業(yè)所得稅：25%；個人所得稅：5%。 在此案例中，50萬元發(fā)票稅款應(yīng)納稅額計算方式：稅款金額50萬元，稅率為6%，計征標(biāo)準(zhǔn)為30000元，即應(yīng)納稅額為：稅款金額50萬元*稅率6%/計征標(biāo)準(zhǔn)3000元=3000元。 因此，個人自然人發(fā)票50萬元總共應(yīng)繳納3000元的稅款。 拓展知識：應(yīng)稅費用除了按照稅款總額算稅之外，還要按照稅款計征標(biāo)準(zhǔn)來算稅。稅款計征標(biāo)準(zhǔn)比例是按照國家規(guī)定的計算出來的，根據(jù)不同稅種有不同的計算比例，比如國家增值稅，城市維護建設(shè)稅，地方教育費附加。