在總公司把業務指派給分公司的情況下，若總公司開票收款，分公司需要在給總公司結算款項時遵循三方協議的規定。一般來說，分公司會根據協議指定風險擔保支付方式，如定期支付，貼現和庫存融資等，以確保總公司收到款項。另外，總公司和分公司間的結算還因產品類別和總公司的內部財務管理等而有不同。分公司有自己獨立的核算系統，需要對收入、支出、流動資金等都進行核算，以確保業務的順利進行，也充分發揮總公司和分公司間的協作效果。拓展知識：此外，總公司和分公司還可以建立自動報賬系統，以減少賬務報表輸入工作量，加快結算速度，減少出錯率，提高結算質量。