1.員工申請完專項附加扣除后，首先要準確核定專項附加扣除的金額，以便記賬準確無誤。 2.按照財務記賬的規定，增值稅專項附加扣除在貸方記賬，即專項附加扣除金額在貸方增加。一般涉及增值稅專項附加扣除的貸方科目有：應交增值稅特殊附加扣除項目，企業所得稅減免項目，住房公積金的企業繳存，等等。 3.在貸方作減法記賬：減少應交稅費、減少企業所得稅或者減少個人所得稅。這筆記賬記錄應體現在企業會計憑證上，同時繳納完增值稅后，企業財務部也可以在稅務機關接受審核后，就可以填寫相應的發票上“專項附加扣除”，并在發票上注明金額。 拓展： 企業所得稅減免項目是指企業在實施增值稅專項附加扣除后，允許企業在當期納稅時從個體戶的稅款中減免部分的稅款。減免的范圍視實際投資項目而定，包括但不限于科研項目、重大設備投資項目、就業投資項目、教育科技和文化事業投資項目等。