收到的運輸費專用發票中有一家可以開出3%稅率的原因是有關部門對相關行業特殊稅率減免政策。例如，根據稅收法規，運輸行業可以享受稅收減免政策，比如貨物運輸類企業，服務類企業及國際運輸的企業，在一定的條件下可以享受減稅和稅率減免政策，可以將稅率從9%降低至3%。另外，每個地區的稅收政策會有所不同，需要查看當地政策，以獲取更多信息。此外，大多數國家還將稅額劃分為不同的領域，比如服務業，用廣泛的非稅收減免政策，減輕企業的稅收負擔。