貨款1000元的情形，您需要將扣費情況明確記錄下來，在進行結轉帳務時要清楚說明。當您付供應商999元時，銀行直接扣1元作為手續費，此時您需記錄應付款999元，實際付款998元，銀行扣除手續費1元，以便在結轉帳務時正確進行賬目結算。 此外，如果您的公司時常會出現這種扣費情況，可以考慮用互聯網支付手段來支付，這樣可以避免銀行對支付者收取大量費用而影響公司經營成本。例如，可以使用轉賬支付、支付寶轉賬等，它們在服務費用方面比銀行支付更優惠。