是的，一般情況下，收到物流公司開具的貨運代理費增值稅專用發票可以抵扣，貨運代理費增值稅專用發票是由州稅務機關頒發的，可以用于抵扣增值稅。為了充分利用貨運代理費增值稅專用發票，商貿公司還要注意以下幾點： 1. 對銷售商貿品，原則上已取得貨運代理費增值稅專用發票的，應及時留存增值稅專用發票，以便核實貨物的運輸時間及金額。 2. 增值稅專用發票的運費數額，應與貨物的裝運單的運費符合，且兩者必須同時計入本期稅負。 3. 貨運代理費增值稅專用發票必須與貨物的裝運單和提貨單一同留存，以備核實。 4. 貨運代理費增值稅專用發票必須在有效期內使用，過期作廢。 以上只是簡單介紹收到物流公司開具的貨運代理費增值稅專用發票能否抵扣，實際情況還需要根據當地稅務機關的規定來辦理具體手續。除此之外，另外從稅收角度規避稅務風險也是商貿公司需要關注的。商貿公司應該定期審查其稅務狀況，努力補充和修改稅收法規，以正確申報稅費，保持合規，并及時遵守最新稅收政策。