經營企業在匯算清繳時補交企業所得稅的賬務處理流程如下： ①記錄企業所得稅應稅收入：在匯算清繳時，申報補扣企業所得稅的企業，將按照稅務機關要求準備原始憑證并錄入會計科目應稅收入，科目代碼為2202應交稅費-企業所得稅； ②記錄企業賬務處理：應稅收入錄入后，在記賬憑證中增加相應企業所得稅付款記賬憑證，科目代碼為2203應交稅費-企業所得稅； ③匯總匯算清繳申報：季度匯總匯算清繳的企業，需要按照規定的稅率補交欠繳的稅款，這部分稅款也屬于本季度企業所得稅，賬務處理流程和普通企業所得稅的賬務處理方式一致； 拓展知識：匯算清繳是指企業根據當期已完成的重要經濟業務，通過普通申報和匯總申報的方式，核實、調整企業所得稅應繳納款項，按照稅務機關要求支付或補交欠繳稅款，完成稅務收支結算的方式。