水土保持補償費應當進入在建工程的“建設支出”科目，“建設支出”科目是指建設工程實際發生的費用，包括施工安裝費、設備購置費、設計費、施工人工費、運輸費、材料費、行政費、監理費、水土保持補償費等。 水土保持補償費是把在建設工程工作過程中，破壞自然資源影響生態環境，給自然資源環境帶來損害和損失的費用，通過預存的補償費，以決策者的責任心，使被破壞的環境得到修復，恢復自然資源的生態狀態。 拓展知識：水土保持補償費的主要用途是對自然資源、環境所造成的損害和損失進行補償，以加快環境的恢復，滿足政府實施可持續發展戰略的需要。另外，水土保持補償費也可以用于實施環境保護措施和治理自然資源，以改善環境質量，增加自然資源的生態狀況。