稅務稽查補交稅款的賬目處理應分三步：首先，計算稅款金額，以便明確補繳稅款數額；其次，安排應繳稅款，借支付寶、微信、匯票等支付渠道，由企業負責補繳稅款，可以提高支付效率；最后，通過稅務局的系統，進行賬務核對，確認稅款已經補繳完成。拓展知識：補繳稅款應及時歸還，如果沒有及時支付稅款，稅務稽查機關可以向企業強制執行，有可能面臨單位經營資格被撤銷、財產被查封等后果，企業經理可以面對大額罰款，甚至被判刑，責任人將承擔全部責任。